การเก็บรักษาไฟล์เป็นอีกส่วนหนึ่งที่เกี่ยวข้องกับความปลอดภัย ซึ่งซอฟต์แวร์การจัดการเอกสารส่วนใหญ่ ที่ตรวจสอบการสนับสนุนแล้ว แม้ว่าเครื่องมือและคุณสมบัติที่เกี่ยวข้องกับการเก็บรักษาไฟล์จะแตกต่างกันไปตามแพลตฟอร์ม หลายองค์กรต้องเก็บรักษาบันทึกตามกฏหมายตามระยะเวลาที่กำหนดไว้ล่วงหน้า ดังนั้นระบบ EDMS ควรมีเครื่องมือสำหรับป้องกันการลบไฟล์ถาวร โดยหลักการแล้วจะเสนอโซลูชั่นการจัดเก็บถาวรเพื่ออำนวยความสะดวกในการระบุไฟล์ที่ล้าสมัยอย่างเหมาะสม โดยที่ไม่กระทบกับข้อกฏหมาย
การปฏิบัติตามข้อกำหนดควรเป็นส่วนหนึ่งของการประเมินระบบ EDMS ในทุก ๆ แง่มุม ในกรณีที่มีการจัดการเอกสารควรจัดการคุณลักษณะการทำงานร่วมกันอย่างระมัดระวัง ระบบ EDMS จำนวนมากสามารถป้องกันไม่ให้ผู้แชร์ไฟล์กับผู้ใช้ภายนอก หรือไม่ให้บันทึกลงในอุปกรณ์เคลื่อนที่ ก้าวไปอีกขั้นหนึ่ง เหนือคู่แข่งด้วยการนำเสนอซอฟต์แวร์ที่ปรับแต่งให้สอดคล้องกับกฏหมาย
ว่าซอฟต์แวร์การจัดการเอกสารที่คาดหวัง สามารถส่งมอบคุณสมบัติความปลอดภัยขั้นสูงได้อย่างไร และคุณจะพบว่าระบบบางระบบจะส่งมอบผ่านระบบปฏิบัติการใด ๆ ที่พวกเขารองรับ ในขณะที่ระบบอื่น ๆ จะรวมเข้ากับแพลตฟอร์มธุรกิจส่วนหลังอื่น ๆ เพื่อความสามารถเดียวกัน